emacs-jp/emacs-jp.github.com#22 の内容をまとめ

[zonuexe]

ました。

[syohex]

@zonuexe @eiel 互換性の問題もあってか、特にどちらがいいというのはないようですね。
ただ最近だと .emacs.d/init.elの方が良いように思えます。他のものも .emacs.dディレクトリに
インストールされることも多いですし。ただ既に .emacsとか .emacs.elというのを使っている
人も多いと思いますので、併記しておく形でも問題はないと思います。

http://www.gnu.org/software/emacs/manual/html_node/emacs/Find-Init.html

[eiel]

併記が良さそうですね。