알바이오 : 바닥부터 시작하는 R + 바이오인포

스터디 정보

바닥부터 R과 바이오인포을 시작하여 R과 바이오인포를 마스터 하는 것을 목표로 하는 실습형 스터디입니다.

공유폴더

https://drive.google.com/drive/folders/0B6bSLTlVnagfRy1FRWp4MlJwbWs

교재 정보

• 1. R 기초
     • 1. R컴퓨팅
     • 2. 데이터시각화
• 2. R 중급
     • 1. An Introduction to Statistical Learning(ISL)
     • 2. R 고급활용
• 3. R 바이오( Bioinformatics in R )
     • 1. R for Bioinformatics
     • 2. Biomedical Data Science : http://genomicsclass.github.io/book/
• 4. R 고급 + 특강 : 상황에 따라 내용이 많이 변경 될 수 있음.
     • 1. 구글 genomics
     • 2. Spark R : http://spark.apache.org/docs/latest/sparkr.html "Data Algorithms: Recipes for Scaling Up with Hadoop and Spark"책 예제를 Spark R로 변환하기

참고 자료

• 윈도우즈 환경에서 Jupyter와 R연동
• Markdown 문법
• Spark - 무료 동영상 강의 한글
• Spark 실습환경구축
• 도커로 스파크 시작하기
• 빅바이오
• 딥바이오
• Hadoop및 Spark로 구현된 바이오인포 도구들

장소

1. 장소: 토즈 신촌 아트레온토즈점 ( http://www.toz.co.kr/branch/main/index.htm?id=6 )
2. 매주 화요일, 저녁 7시 30분~10시
3. 시작: 2016년07월 26일

Schedule

Part 1.

seq.	날짜	내용	후기
1	2016. 7.26	(R 기초) R컴퓨팅 : R설치 및 실습환경 구축, 제3장 데이터 입력과 출력 (지용기)
		(R 중급 ) ISL : 2장 Statistical Learning (김가경)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : DNA Sequence Statistics (1) (이승우)
		(R 고급) (구글 genomics) https://cloud.google.com/genomics/install-genomics-tools : How-to Guide : Installing the Cloud SDK and Genomics Commands 발표내용 (이병철)
2	2016. 8. 2	(R 기초) R컴퓨팅 : 제4장 데이터 구조(명충민)
		(R 중급 ) ISL : 3장 Linear Regression (지용기)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Sequence Databases, 코드(양윤주)
		(R 고급) Spark에 대한 소개 및 Spark 실습환경, 간단한 예제 돌려보기(지용기)
3	2016. 8. 9	(R 기초) R컴퓨팅 : 4장 리스트, 제5장 프로그래밍 (명충민)
		(R 중급 ) ISL : 4장 Classification(황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Sequence Databases(양윤주)
		(R 고급) (구글 genomics) https://cloud.google.com/genomics/v1/analyze-variants : How-to Guide: Analyze Variants Using BigQuery 와 https://cloud.google.com/genomics/v1/load-variants : How-to Guide : Loading Genomic Variants (박혜진)
4	2016. 8.16	(R 기초) R컴퓨팅 : 제6장 함수의 생성 (명충민)
		(R 중급 ) ISL : 5장 Resampling Methods (황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Pairwise Sequence Alignment(이병철)
		(R 고급) Spark R : http://spark.apache.org/docs/latest/sparkr.html 발표내용 (지용기)
		http://spark.rstudio.com/index.html 발표내용

Part 2.

seq.	날짜	내용	후기
1	2016. 8.23	(R 기초) R컴퓨팅 : 제7장 R 데이터 탐색(명충민)
		(R 중급 ) ISL : 6 Linear Model Selection and Regularization (황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Multiple Alignment and Phylogenetic trees(이승우)
		(R 고급) https://cloud.google.com/genomics/gatk : Broad Institute GATK on Google Genomics 와 http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/run_pipelines_in_the_cloud/index.html : (이병철)
		Docs » Process Data on Google Cloud » Run workflows and common tasks in parallel
2	2016. 8.30	(R 기초) R컴퓨팅 : 제8장 R 그래프(명충민)
		(R 중급 ) ISL : 7 Moving Beyond Linearity (황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Computational Gene-finding (김가경)
		(R 고급) (DataAlgorithm) 1장. Secondary Sort을 Spark-R로 구현,PySpark로 구현 (지용기)
3	2016. 9. 6	(R 기초) R컴퓨팅 : 제9장 R 시뮬레이션
		(R 중급 ) ISL : 7 Moving Beyond Linearity
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Comparative Genomics
		(R 고급) (구글 genomics)Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster on Compute Engine
4	2016. 9.20	(R 중급 ) ISL : 8 Tree-Based Methods (황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Hidden Markov Models (장수경)
		(R 고급) (DataAlgorithm) 3장. Top 10 List을 Spark-R로 구현 (지용기)
		(바이오 특강) Build bioinformatics pipelines with Snakemake (김가경)
5	2016. 9.27	(바이오 특강) Heterozygote advantage in regulatory region of human genome (18:30~19:30)
		(R 중급 ) ISL : 9 Support Vector Machines, 10 Unsupervised Learning (황성원)
		(R 바이오) R for Bioinformatics : Protein-Protein Interaction Graphs (김가경)
		(R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/setup_gridengine_cluster_on_compute_engine/index.html : Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster on Compute Engine(이병철)

Part 3.

seq.	날짜	내용	후기
1	2016.10. 4	(R 기초) 데이터시각화 : 2장 탐색적 자료분석1, 탐색적 자료분석2 (명충민)
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제1장 R 데이터 처리(장혜정)
		(R 바이오) Biomedical Data Science : 0 - Introduction, 1 - Inference CLT in Practice까지(이승우)
2	2016.10.11	(R 기초) 데이터시각화 : 3 장 이변량 데이터의 시각화(명충민)
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제2장 통계계산(권기호)
		(R 바이오) Biomedical Data Science : 1 - Inference t-tests in Practice부터(이승우)
		(R 고급) (구글 genomics) Docs » Process Data on Google Cloud » Create a Grid Engine cluster with Preemptible VM workers, 발표자료(이병철)
		(R 고급) (DataAlgorithm) 4장. Left Outer Join을 Spark-R로 구현 (지용기)
3	2016.10.18	(R 기초) 데이터시각화 : 4 장 시계열의 시각화
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제3장 통계추론
		(R 바이오) Biomedical Data Science : 2 ~ 4 - Matrix Algebra
		(R 고급) (DataAlgorithm) 7장. Market Basket Analysis을 Spark-R로 구현
4	2016.10.25	(R 기초) 데이터시각화 : 5 장 지리적 데이터의 시각화(명충민)
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제4장 R 통계 그래픽스(박세진)
		(R 바이오) Biomedical Data Science : 5 - Linear Models (장수경)
		(R 고급) (구글 genomics) http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/run_samtools_over_many_files/index.html : Docs » Process Data on Google Cloud » Run SAMtools to index BAM files in Cloud Storage (이병철)

Part 4.

seq.	날짜	내용	후기
1	2016.11. 1	(R 기초) 데이터시각화 : 6 장 텍스트 데이터의 시각화 - 워드 클라우드
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제5장 R을 이용한 고급 그래픽 기법, 한방팩, shiny-cheatsheet
		(R 바이오) Biomedical Data Science : 6 - Inference for High-Dimensional ,7 - Statistical Modeling
		(R 고급) (DataAlgorithm) 10장. Content-Based Recommendation: Movies을 Spark-R로 구현
2	2016.11. 8	(R 기초) 데이터시각화 : 7 장 다변량 데이터의 시각화
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제6장 일반화 선형모형
		(R 바이오) Biomedical Data Science :7 - Statistical Modeling
3	2016.11.15	(R 기초) 데이터시각화 : 8 장 웹을 이용한 동적 · 대화형 데이터 시각화
		(R 바이오) Biomedical Data Science :7 - Statistical Modeling
4	2016.11.22	(R 중급 ) R 고급활용 : 제6장 일반화 선형모형 (박세진)
		(R 고급) (DataAlgorithm) 11장. Smarter Email Marketing with the Markov Model을 Spark-R로 구현
		(R 바이오) Biomedical Data Science :8 - Distance and Dimension Reduction (명충민)
5	2016.11.29	(R 중급 ) R 고급활용 : 제6장 일반화 선형모형(박세진)
		(R 중급 ) R 고급활용 : 제7장 분류분석(장수경)
		(R 고급) (DataAlgorithm) 12장. K-Means Clustering을 Spark-R로 구현(지용기)