From ddf4c8f782a362c92d99be09c5f38c914426f67b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Michele Ceriotti Date: Mon, 16 Oct 2023 21:03:20 -0700 Subject: [PATCH] A few tweaks to the tests --- .../lammps_h2o_bulk_Ih/input.xml | 10 +- .../lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.restart | 7 +- .../lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.xc.pdb | 2910 +++++++++++++++++ 3 files changed, 2919 insertions(+), 8 deletions(-) diff --git a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/input.xml b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/input.xml index b4f64b725..2b8442dac 100644 --- a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/input.xml +++ b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/input.xml @@ -1,13 +1,13 @@ - + - [ step, time{picosecond}, conserved , cell_abcABC, volume, virial_md ] + [ step, time{picosecond}, conserved , cell_abcABC, volume, virial_md ] x_centroid{angstrom} - 100 + 200 31415 -
lammps_ice
+
lammps_ice
1e-3 @@ -30,7 +30,7 @@ [ offdiagonal ] - 100 + 100 0.25 diff --git a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.restart b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.restart index ff84bb429..b01a55cd8 100644 --- a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.restart +++ b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.restart @@ -1,4 +1,4 @@ - + 31415 @@ -131,16 +131,17 @@ 416 - + [ step, time{picosecond}, conserved, cell_abcABC, volume, virial_md ] x_centroid{angstrom} 1 - 100 + 200
lammps_ice
+ 1.00000000e-03 diff --git a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.xc.pdb b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.xc.pdb index 3fd37cb72..78b83756d 100644 --- a/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.xc.pdb +++ b/examples/features/Classical_molecular_dynamics/NPzT_ensemble_BZP/lammps_h2o_bulk_Ih/simulation.xc.pdb @@ -3199,3 +3199,2913 @@ ATOM 286 O 1 1 3.451 6.525 5.126 0.00 0.00 0 ATOM 287 H 1 1 3.251 6.365 4.159 0.00 0.00 0 ATOM 288 H 1 1 4.220 5.951 5.364 0.00 0.00 0 END +TITLE Step: 110 Bead: 0 x_centroid{angstrom} cell{angstrom} +CRYST1 12.746 14.602 13.877 90.00 90.00 90.00 P 1 1 +ATOM 1 O 1 1 -5.203 -5.824 -5.276 0.00 0.00 0 +ATOM 2 H 1 1 -4.453 -5.193 -5.026 0.00 0.00 0 +ATOM 3 H 1 1 -6.082 -5.391 -4.909 0.00 0.00 0 +ATOM 4 O 1 1 -3.147 -4.543 -4.608 0.00 0.00 0 +ATOM 5 H 1 1 -2.798 -4.634 -3.652 0.00 0.00 0 +ATOM 6 H 1 1 -3.081 -3.575 -4.813 0.00 0.00 0 +ATOM 7 O 1 1 -5.068 -5.529 -1.656 0.00 0.00 0 +ATOM 8 H 1 1 -6.185 -5.305 -1.883 0.00 0.00 0 +ATOM 9 H 1 1 -5.185 -5.616 -0.681 0.00 0.00 0 +ATOM 10 O 1 1 -2.622 -4.813 -2.057 0.00 0.00 0 +ATOM 11 H 1 1 -3.638 -4.973 -2.111 0.00 0.00 0 +ATOM 12 H 1 1 -2.793 -3.888 -1.744 0.00 0.00 0 +ATOM 13 O 1 1 -3.053 -2.326 -5.654 0.00 0.00 0 +ATOM 14 H 1 1 -2.279 -1.762 -5.394 0.00 0.00 0 +ATOM 15 H 1 1 -3.102 -2.185 -6.641 0.00 0.00 0 +ATOM 16 O 1 1 -5.466 -1.748 -4.642 0.00 0.00 0 +ATOM 17 H 1 1 -4.529 -1.892 -5.017 0.00 0.00 0 +ATOM 18 H 1 1 -5.166 -1.296 -3.595 0.00 0.00 0 +ATOM 19 O 1 1 -2.894 -2.477 -1.424 0.00 0.00 0 +ATOM 20 H 1 1 -2.131 -1.922 -1.610 0.00 0.00 0 +ATOM 21 H 1 1 -2.832 -2.478 -0.412 0.00 0.00 0 +ATOM 22 O 1 1 -5.118 -1.347 -2.174 0.00 0.00 0 +ATOM 23 H 1 1 -4.340 -1.850 -1.830 0.00 0.00 0 +ATOM 24 H 1 1 -5.815 -1.714 -1.562 0.00 0.00 0 +ATOM 25 O 1 1 -1.282 -5.914 -5.668 0.00 0.00 0 +ATOM 26 H 1 1 -2.083 -5.404 -5.374 0.00 0.00 0 +ATOM 27 H 1 1 -1.414 -5.827 -6.704 0.00 0.00 0 +ATOM 28 O 1 1 1.033 -5.004 -4.981 0.00 0.00 0 +ATOM 29 H 1 1 0.143 -5.436 -5.095 0.00 0.00 0 +ATOM 30 H 1 1 0.796 -4.911 -4.020 0.00 0.00 0 +ATOM 31 O 1 1 -0.818 -6.311 -1.100 0.00 0.00 0 +ATOM 32 H 1 1 -1.487 -5.741 -1.599 0.00 0.00 0 +ATOM 33 H 1 1 -1.188 -6.154 -0.311 0.00 0.00 0 +ATOM 34 O 1 1 0.723 -4.840 -2.436 0.00 0.00 0 +ATOM 35 H 1 1 0.101 -5.263 -1.867 0.00 0.00 0 +ATOM 36 H 1 1 1.522 -5.179 -2.040 0.00 0.00 0 +ATOM 37 O 1 1 1.360 -2.332 -5.615 0.00 0.00 0 +ATOM 38 H 1 1 1.246 -3.266 -5.466 0.00 0.00 0 +ATOM 39 H 1 1 1.393 -2.512 -6.647 0.00 0.00 0 +ATOM 40 O 1 1 -0.858 -1.233 -4.899 0.00 0.00 0 +ATOM 41 H 1 1 0.067 -1.579 -5.043 0.00 0.00 0 +ATOM 42 H 1 1 -0.961 -1.250 -3.920 0.00 0.00 0 +ATOM 43 O 1 1 0.945 -2.596 -1.259 0.00 0.00 0 +ATOM 44 H 1 1 0.807 -3.397 -1.867 0.00 0.00 0 +ATOM 45 H 1 1 1.910 -2.300 -1.275 0.00 0.00 0 +ATOM 46 O 1 1 -0.957 -0.988 -2.198 0.00 0.00 0 +ATOM 47 H 1 1 -0.206 -1.585 -1.705 0.00 0.00 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